Состоит из последовательных этапов:
Предварительное замораживание микроорганизмов. Для сохранения жизнеспособности микробиологических организмов, веществ и свойств препаратов во время сушки и дальнейшем хранении применяют стабилизаторы, среди которых сахароза, сыворотка крови, молоко без жира, глутамат натрия и др.
Предварительная заморозка происходит в морозильной камере при температурном режиме от -40 до -60°С. Также в другом варианте препарат помещают в сухую углекислоту со спиртом температурой -78°С, благодаря чему удаётся избежать вспенивания.
Первичное высушивание микроорганизмов. Замороженный материал переносится в ёмкости в сушильную камеру. Так в условиях глубокого вакуума происходит высушивание материала при температуре до -40°С. С помощью сублимации вода удаляется, а препарат меняется из твёрдого в сухое состояния с пористой структурой.
Досушивание. Оно осуществляется в той же сушильной камере, однако температура повышается до 20°С. Во время этого процесса из объекта получается удалить связанную воду. После окончания, камеру начинают заполнять сухим воздухом или азотом.
Упаковка. Ампулы или флаконы должны быть оперативно укупориваны во избежание насыщения препарата влагой, ведь это негативно скажется на его хранении. Перед запайкой в ампулах должен быть создан вакуум или они должны быть заполнены инертным газом.